SD Kristen Petra 12 telah berdiri sejak tanggal 16 Juli 1984, satu halaman dengan TK Kristen Petra 12 di Jalan Monginsidi 100, Sidoarjo. Sekolah ini sebelumnya berada dalam naungan GKI Trunojoyo, dengan pimpinan Dra. Sukarti Hartono. Pada awal tahun ajaran 1984/1985, SD Kristen Petra 12 hanya membuka satu kelas saja, yaitu kelas I. Seiring berjalannya waktu, perkembangan SD Kristen Petra 12 semakin meningkat.